焦点报道:川大团队发现神经元进化缺失


【资料图】

1997 年,从高中考上北京大学生命科学学院以来,26 年间始终在和生命科学打交道。从北大博士毕业之后,他来到哈佛大学医学院做了 6 年的博士后研究。2013 年,回国加入四川大学生物治疗国家重点实验室担任研究员至今。
图 | 陈强(来源:)
就在前不久,他和团队在Nature 子刊发了一篇论文。对于他来说,这是一项“绝唱”型研究。因为自此以后,他将彻底“转战”微生物免疫领域。
Nature 子刊这篇论文中, 他和团队探索了神经元自我识别的机制,能够加深人们对于神经发育的理解。虽然距离实际应用还比较远,但会给神经系统疾病的治疗带来潜在帮助。
针对从昆虫 Dscam 到脊椎动物 cPcdh 进化上的巨大差距,这项成果补上了缺失的一环, 填补了神经元表面识别分子领域的一个重要空白,为理解神经元细胞自我识别的分子机制做出了重要贡献。研究中所使用的活细胞信号记录方法,获得了评审专家的高度评价。
(来源:Nature Communications
此前,学界在在研究细胞表面受体的顺式作用时,都是先把细胞裂解然后再进行检测,这有可能会产生非特异性作用,从而影响实验结果的可靠性。
“相比之下,我们开发的这种方法可以在活细胞状态下检测顺式作用信号。如果细胞表面发生了顺式作用,这个信号就会被酪氨酸磷酸化记录下来。这时,将细胞裂解并检测磷酸化水平,这样一来顺式作用信号的记录先于细胞的裂解,从而让实验结果更准确。”说。
另外,研究中他们尝试引入数学模型,来解释神经元的自我身份识别。“但是审稿人认为我们的假设没有实验基础。事实上,在复杂的生命体系中引入数学模型做一些假设,我觉得是不可避免的。在第一次修改中,我们完善了数学模型,并提供了更加详细的解释,可惜并没有说服审稿人。第二次修改时,我们不得不删掉这部分内容,感觉审稿人有点苛刻了,让我们这篇论文少了一个亮点。”说。
(来源:Nature Communications
果蝇 Dscam 和人类 cPcdh 之间的“鸿沟”
而本次研究要从 2013 年说起,那时刚回到国内的对大脑和神经系统的研究十分感兴趣。他觉得这是生命科学中最复杂、也是最有挑战性的课题组之一。
一个成年人的大脑大约有 10 11 个神经元,而每个神经元又由 1 千到 1 万个靶细胞建立连接,最终形成一个犹如森林般复杂的神经网络。为了实现精准的神经突触连接,神经元细胞必须能够识别“自我”与“非我”。
对于一些细胞表面受体蛋白来说,它们通过表达高度多样化的异构体,赋予神经元以独特的细胞身份,这样一来神经元就有了“身份证”,从而实现不同神经元之间的特异性识别。
在这种细胞表面受体中,包含果蝇的 Dscam、以及哺乳动物的 cPcdh 等。果蝇的 Dscam 有 3 万多种异构体,而人类的 cPcdh 只有 52 种异构体,尽管二者在异构体数目上有着巨大差距,但却行使着类似的生理功能,这让学界一直感到非常不解。也觉得,似乎有一道“鸿沟”横亘在二者之间。
2016 年,他和团队在 Science Advances上发表一篇关于果蝇 Dscam 的论文。研究中,课题组针对分子自我识别的结构基础加以详细解释,并指出此前一篇Nature论文中的两处错误,同时还提出一个普遍适用于蛋白质相互作用的“整体约束”机制。
同年,浙大团队揭示了螯肢动物中的一种缩短型 Dscam,称为 sDscam。果蝇 Dscam 有 16 个结构域,而 sDscam 只有 6 个结构域。发现,缩短的 sDscam 恰好保留了与其信号分子 Netrin 相互作用的结构域。
这说明在进化过程中,至关重要的功能结构域会被保留下来。尽管 sDscam 的蛋白构成与果蝇 Dscam 相似,但是基因的组织排列方式却与脊椎动物 cPcdh 相近。而 sDscam 的异构体数目,则介于果蝇 Dscam 与脊椎动物 cPcdh 之间,呈现一种过渡状态。
这意味着,对于研究神经元细胞表面识别分子的进化来说,sDscam 能够提供独特的样本。“我本人比较擅长做结构研究,于是我们课题组就从结构入手,解析了十几个 sDscam 的晶体结构。”表示。
(来源:Nature Communications
结合功能实验结果他们揭示了如下规律:在不同细胞之间,sDscam 的相互作用方式与果蝇 Dscam 是相同的;而在同一个细胞表面,sDscam 的作用方式又与脊椎动物 cPcdh 呈现相似性。
该团队由此指出:sDscam 在细胞表面会形成拉链式的结构,这种机制可以使用较少的异构体数目,从而为数目庞大的神经元细胞提供身份识别,进而帮助人们理解神经元细胞表面识别分子的多样性进化。
AlphaFold 问世,为停滞课题带来转机
最初,认为 sDscam 比果蝇的 Dscam 短很多,因此希望能够解析整个胞外结构域的完整结构,甚至想要得到 sDscam 胞外全长与信号分子 Netrin 的复合物结构,这样就能对 sDscam 介导的自我识别和轴突导向产生更完整、更清晰的了解。
然而很遗憾的是,螯肢动物的 Netrin 蛋白很难被表达。在针对胞外全长 sDscam 的研究中,虽然课题组成果获得了晶体,但是由于衍射能力弱和各向异性的原因,导致他们无法收集到能被使用的衍射数据。
在此之后,他们把 sDscam 分成几个片段来做,虽然收获了几套衍射数据,但是一直无法解决相位信息,自然也就无法解析出来对应的结构。
程婕同学主要负责本次课题,她从硕士开始做起,直到临近博士毕业才算完成。说:“因为中间遇到困难,有一年半左右就搁置了。不过我一直惦记着这个课题,有了新想法和新技术之后,我们把它捡了起来。”
即便如此,课题的推进依旧艰难。那时,临近博士毕业的程婕感到十分焦虑,作为导师的也是压力山大。
那段时间,师生二人一直在寻找突破口。直到 AlphaFold 问世,研究终于迎来转机。该团队借此预测了蛋白结构模型,并以此作为初始相位信息。在反复尝试之后,他们通过分子置换的方法,终于解析了 sDscam 的晶体结构。
(来源:Nature Communications
而在进行功能实验时,课题组也遇到了一些困难。其中,最大的困难是在检测 sDscam 的顺式相互作用时,采取传统实验方法会导致非特异性太高,进而致使实验结果不够准确。
为解决这一问题,他们将 sDscam 与一个酪氨酸激酶进行融合。如此一来在活细胞状态下如果发生顺式作用,这个信号就会以磷酸化的形式被固定下来,从而避免受到后续实验步骤的影响。
至此,研究正式结束。最终,相关论文以《螯合虫 sDSCAM 自我识别的结构基础》()为题发在Nature Communications上[1],程婕是第一作者,担任通讯作者。
图 | 相关论文(来源:Nature Communications
“虽然过程比较艰辛,但是最后也算是一个 Happy Ending。程婕顺利获得博士学位,目前在我课题组做博士后,而且很快就要做妈妈了。我一直秉持的理念是,做科研和做人一样最重要的是开心(笑)。我希望大家能够愉快地做科研,我也一直在课题组内营造这样的气氛。”说。
研究微观世界的“战争”,从武器库中发现宝藏
如前所述,本次研究并没有后续计划。表示当初回国时自己想做神经发育的研究,但是很快就发现根本做不下去,主要原因是经费不够。
“之后我和其他老师合作,开始做药物靶点和小分子药物复合物的结构研究,以用于药物优化和探究药物作用机制,后来也发了不少论文。值得一提的是,我们生物治疗国家重点实验室在药物研究方面颇具特色,而且也很有实力。”说。
但是,很快他发就现这样的合作方式,会让自己的研究方向过于分散。他还是希望自己能在某个领域做深入的系统性研究。
考虑到基因编辑工具 CRISPR-Cas9,正是从细菌的获得性免疫系统中被发现的,因此转为研究微生物免疫,即研究细菌和噬菌体的“战争”,希望从它们的“武器库”中发现一些宝藏。
另一个重要原因在于实验费用比较低。“我在这里想吐槽一下,生命科学研究有一个很大的缺点,就是对科研经费的依赖性太强。做实验要花很多钱,科研仪器也很贵,即便你有很好的想法,没有经费也很难做出东西来。”说。
那么,研究微观世界的“战争”,到底有哪些意义?他表示,在漫长的进化过程中,细菌与噬菌体激烈的“军备”,竞赛让细菌产生了多种多样的防御系统。
从这些防御系统中,学界已经发现了限制性内切酶和 Cas9 等生物工具,也为分子生物学研究和疾病治疗带来了革命性变化。
这个领域的迷人之处在于细菌的种类非常丰富,各种防御系统之中蕴藏着无尽可能,有些蛋白的结构和功能是人们见所未见、闻所未闻的。因此,觉得这个领域的发展非常令人期待。

参考资料:

, J., Yu, Y., Wang, X., Zheng, X., Liu, T., Hu, D., ... & Chen, Q. (2023). Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata.Nature Communications,14(1), 2522.

排版:刘雅坤

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