环球快讯:酵母文库/酵母杂交Tips4_蛋白跨膜域预

还记得吗，膜体系酵母杂交筛选前，需要根据蛋白质跨膜情况，选用不同的诱饵载体，以便于与互作蛋白相连的泛素NubG和Cub-LexA-VP16可以在空间上靠近，从而被泛素特异性蛋白酶（UBPs）识别、切割、启动报告基因表达，进而筛选相互作用因子。如果不记得了… …通过下面的表格回顾起来吧

(资料图片)

那么问题来了，虽然知道什么情况选择何种载体了，然而我的蛋白质结构到底是怎么样的呢？N端、C端到底在哪儿？以及N端有无信号肽呢？

这个时候就需要我们通过蛋白质的氨基酸序列来预测蛋白结构了。

下面，小编就来介绍几个常用的蛋白预测网站：为了方便说明，我们以一个已报道过的水稻蛋白（Golgi SNAP receptor complex member 1 Os08g0440000）为例进行介绍。

首先，找到目的基因的ORF区，翻译为氨基酸序列。如果是已登录的基因，可以直接在NCBI上下载。

下面是该基因的氨基酸序列：

打开在线软件TMHMM网址，输入目的序列：

然后，点击提交，等待预测结果，如下：

预测结果如图所示，该蛋白预测结果，含有1个跨膜域（197-216 aa），N端位于胞内（1-196 aa），C端位于胞外。

感觉是不是so easy，下面再介绍第二个在线蛋白预测软件Phobius。同样的，分两步走，首先找到目的蛋白的氨基酸序列，然后输入、提交、分析预测结果即可。

下面是 Os08g0440000在Phobius中的预测结果，该网站预测结果中还包含蛋白是否含有信号肽， Os08g0440000不含信号肽，而蛋白跨膜结构预测结果与TMHMM预测一致。

打开第二个在线蛋白预测软件Phobius网址，输入目的序列：

综合不同网站分析结果，再根据前面载体选择条件就可以选择相应的载体了~~~~~

对了，本例中的Os08g0440000可以选择诱饵载体pBT3-N。

最后，小编再附送蛋白亚细胞定位、功能域、信号肽在线预测网站，感兴趣的小伙伴可以去进行尝试噢~~~~

原创声明：本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道，本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享，未经作者的允许禁止转载。

关键词： 氨基酸序列 知道什么 进行尝试

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