3篇经典16S rRNA测序+代谢组文章突破医学领域高分期刊发文瓶颈

微生物多样性测序 (主要指 16S 扩增子测序与宏基因组测序) 可提供肠道细菌构成、基因丰度和功能性信息,可以解决「who is there?」(那儿有谁) 和「what are they doing?」(在干嘛) 的问题。

而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学,常用研究方法包括LC/MS(液质联用)和 GC/MS(气质联用),可以解决「what have really happened?」(究竟发生了啥) 的问题。

知道了样本当中有了哪些微生物,和它们具有的功能后,就需要进一步的验证这些功能是否真的发生了,发生的程度是什么样的?而单纯的微生物组学是无法完成验证的,这时候就需要代谢组学来救场。

本篇小鹿分享3篇经典16S rRNA测序+代谢组学研究探究多组学整合研究如何助力快速发文?

分享案例一

标题:藻酸盐寡糖化小鼠的微生物群成功减轻了小肠粘膜炎

期刊:Microbiome IF=14.650

研究思路:

*样本类型:小鼠小肠、肠道内容物、血浆

*检测平台:LC-MS非靶向代谢组、转录组、16S微生物多样性检测等

本研究发现藻酸盐寡糖(AOS)可以减轻抗癌药物白消安诱导的小肠细胞膜的损伤,特别是细胞连接和微绒毛;并有利于肠道菌群变化进而改善小肠功能,提高肠道的免疫功能。

LC-MS非靶向代谢技术发现了粪便移植(FMT)对血液代谢的影响,并分析了血液代谢物与肠道菌群之间的相关性,发现不同剂量的粪便移植对血液代谢组均产生了显著影响,其中大部分是在小肠功能中起着重要作用的脂质代谢物,表明FMT可以在血液中恢复被白消安扰乱的代谢物。

相关性分析表明,“有益菌”乳酸杆菌有助于血液代谢产物的恢复,“有害菌群”则不能协助血液代谢物的回收,揭示了FMT可改善小肠功能和肠道菌群,恢复血液代谢的原因。

分享案例二

标题:EphB6缺陷小鼠的肠道菌群通过介导维生素B6动态平衡调节孤独症行为

期刊:Microbiome IF=14.650

研究思路:

*样本类型:小鼠粪便、脑组织

*检测平台:LC-MS非靶向代谢组、16S微生物多样性检测

自闭症谱系障碍(ASD)是一种发育障碍,目前对孤独症的核心症状的有效治疗很有限。ASD患者临床研究证据表明,肠道菌群与ASD发展之间存在联系,但肠道菌群与ASD的脑功能障碍(肠脑轴)联系机制尚未完全阐明。

在肠道稳态起着重要作用的EphB6基因(位于7q号染色体,属于受体酪氨酸激酶Eph家族),因基因突变和在ASD患者中表达下调,被认为是ASD的候选基因。但尚不清楚EphB6在调节肠道菌群和ASD发生的作用机制。

本研究中作者发现EphB6在功能上与ASD相关,并通过肠道菌群介导的维生素B6和多巴胺,调节患者自闭症样行为。作者建立了EphB6缺陷小鼠肠道菌群失调与内侧前额叶皮层(mPFC)(关键的肠脑功能轴)的兴奋/抑制失衡之间的功能联系。

分享案例三

题目:粪便微生物可以区分酒精性肝炎引起的酒精摄入量,但不能区分疾病的严重程度

期刊:Hepatology IF=17.425

研究思路:

*样本类型:人粪便

*检测平台:LC-MS靶向代谢组、16S微生物多样性检测

为了表征酒精性肝炎有关的粪便微生物生态学,考察微生物组变化和疾病严重程度的关系,推断微生物生态学变化的功能相关性,本文作者将中度或重度酒精性肝炎患者(MAH和SAH)的粪便微生物组与健康(HC)和重度饮酒对照组(HDC)进行比较,通过16S rRNA基因测序鉴定微生物群分类,使用LC/MS平台测量粪便短链脂肪酸(SCFA)含量。

重度饮酒患者与健康对照组相比、重度饮酒组与酒精性肝炎相比,均可以发现明显的微生物组特征分布。但微生物分类不能区分中度和重度酒精性肝炎。在酒精性肝炎患者中,粪便中短链脂肪酸与产生SCFA的微生物菌群均减少,可以推断出,酒精性肝炎患者的粪便微生物组有明显的变化,与酒精性肝炎的严重程度无关。

欢迎百度搜索鹿明生物——访问鹿明生物官网——了解代谢组学技术

猜你还想看

1、16S+代谢组学 | 人参多糖改变肠道微生物群和犬尿氨酸/色氨酸比率,增强免疫疗法的抗肿瘤效果

2、项目文章 | Microbiome发文,16S+代谢组学如何“步步为营”探究植物生长奥秘?

3、Microbiome | 16S+代谢组学助力中农科及青岛农大探究小肠粘膜炎病理机制发微生物一区顶刊

4、项目文章 | 16S+代谢组学助力李建明团队自闭症新机制发文微生物一区顶刊

End本文系鹿明生物原创

关键词: 酒精性肝炎 代谢组学 微生物多样性

推荐DIY文章
主机存在磨损或划痕风险 PICO4便携包宣布召回
穿越湖海!特斯拉Cybertruck电动皮卡可以当“船”用
vivoXFold+折叠旗舰开售 配备蔡司全焦段旗舰四摄
飞凡R7正式上市 全系标配换电架构
中兴Axon30S开售 拥有黑色蓝色两款配色
荣耀MagicBookV14 2022正式开售 搭载TOF传感器
it