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癌细胞曾经也是正常细胞,癌变使它们和曾经的同僚们渐行渐远,甚至倒戈相向。但癌细胞的顽强总是令人震惊,就算是在强烈的治疗手段下它们仍然可能表现出超强的抵抗能力。科学家们“明察暗访”,终于揪出了一个细胞中为肿瘤卖命的“叛徒”,没想到这“叛徒”竟然曾经还是防御癌症的“功臣”?
放疗和化疗都是较激进的癌症治疗手段, 它们可以通过放射性射线或化学物质直接使癌细胞的DNA断裂 ,从而达到杀死癌细胞的目的。然而就算是这样强有力的治疗措施,对癌细胞来说仍然不能百分之百有效, 甚至有些肿瘤会对放疗和化疗表现出明显的抗性 。
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正常细胞在接触一些特定外界的物理、化学、生物因素时,会发生DNA的断裂。不过,就算是在没有外界影响的自然状态下, 细胞中也可能会自发产生DNA断裂 。发生DNA断裂的细胞可能会进行“细胞凋亡”从而被机体清除, 但如果这个细胞继续存活下去,则很有可能形成染色体的畸变,而染色体畸变则恰好是细胞癌变的主要驱使因素之一。
所以为了尽量避免因为DNA断裂而造成的遗传物质不稳定, 细胞中会有一些特定的DNA修复机制 。多亏了这些机制,正常细胞在发生DNA断裂时,机体就没有必要把所有DNA受损的细胞都清除。那些DNA被正确修复的细胞可以继续存活、正常工作且不发生癌变,这也避免了机体浪费能量和营养物质。
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细胞内对于DNA双链断裂的修复,主要有两种机制: “同源重组修复(homology recombination,HR)” 和 “非同源末端连接修复(non-homologous end joining,NHEJ)” 。
细胞DNA双链断裂的两种修复机制,左:非同源末端连接(HNEJ);右:同源重组(HR)。
假如我们把一条DNA链当成一幅完整的“清明上河图”的拼图,你花了一个多月终于拼好了这个5米多的拼图,正想拿起来向朋友展示,一不小心,中间断开了。好消息是其它部分完好无损;坏消息是中间断开的那些拼图块,好巧不巧全部掉进了下水道,再也用不了了。那这个时候如果我们想把它还原,该怎么办呢?
如果你有这么长的一幅拼图,突然中间断掉了,该怎么修复呢?(图片来源:AlexHe34 - CC BY-SA 3.0)
如果用“同源重组修复”的方法,就意味着你得找到全部丢失的拼图块——假如你还记得拼图的购买链接,询问商家还有没有一模一样的同款,并请商家把缺失的拼图块再寄过来(当然得加钱),寄过来的拼图块和原先的一模一样,这样你就可以对照着原来的拼图样式,用新的拼图块补全完整的拼图了。
在“同源重组修复”中,断裂的DNA双链在其同源的DNA序列(通常是其姐妹染色单体)的帮助下修复自己。 断裂的DNA通过和解旋的同源DNA配对,来修复自己因为断裂而丢失的DNA序列,最终恢复如初。由于在大多数情况下,姐妹染色单体的DNA序列与原DNA序列是相同的,因此对DNA双链的“同源重组修复”很多时候可以被认为是零误差的。然而, “同源重组修复”的发生条件十分有限,只有在细胞周期的G2期和S期才能进行 ,所以对于不在G2期和S期以及不在细胞分裂周期的细胞,如果DNA断裂,是不能通过“同源重组”这种方式来修复的。
你的“拼图断裂事件”也如此,大多数情况下你不太可能直接得到一模一样的拼图块。很有可能你已经不记得这个“清明上河图拼图”是在哪里买的了,或者它是限量版早就绝版了,又或者老板没有那么好心专门给你寄你断掉的那部分(假定你没钱再完整的买个新的,也没那个能力自己根据清明上河图原图制作全新的拼图)。那么在这种情况下,你就需要另一种修复方法——“非同源末端连接修复”。
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在所有断裂DNA的修复中, “非同源末端连接修复”更加常见。 “非同源末端连接修复”不依赖同源的DNA序列,通过多个蛋白质或分子的共同作用,直接将断裂的DNA双链两端做处理后,拉近重新拼接成为完整的DNA双链。 由于“非同源末端连接修复”没有依靠同源DNA序列,因此修复好后的DNA,在断裂位置的序列和原先是有差别的,准确度不如“同源重组修复”。但修复后有些小差错终究好过完全不修复,且“非同源末端连接修复”在分裂和不分裂的细胞中都可以进行,因此在整个机体的断裂DNA修复中, “非同源末端连接”起作用的时候更多 。
用“非同源末端连接修复”的方法,就好像你直接把你断开的“清明上河图拼图”剩下的部分直接拼合在一起,虽然有缺失,但至少它看起来完整了。
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“非同源末端连接修复”有时被称为基因组的“守卫”,它保证了细胞内遗传物质的稳定性, 虽然,如果断裂的位点出现在某个基因中(编码基因的序列在基因组中的占比约为2%),有可能会导致基因突变,诱发癌症。在大量的啮齿动物模型的实验中也证明, 如果“非同源末端连接修复”过程中的关键因子(如DNA-PKcs)的基因缺失或突变,会显著增加实验对象的患癌风险 。可以说,这种DNA的修复方式在预防细胞癌变过程中起到了不可或缺的作用。
不过既然正常细胞会用这种修复机制,那么顽强的癌细胞可能更是会使用它。
科学家一直在努力寻找肿瘤对放疗和化疗出现抗性的各种原因。而在2021年,科学家在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,肝癌的一种) 的肿瘤样本中发现了一种新的长链非编码RNA(也称为lncRNA)——NIHCOLE 。已经有研究显示,NIHCOLE的过量表达,与肝细胞癌患者的低预后和低存活率相关。而进一步研究发现, NIHCOLE正好是通过促进癌细胞中“非同源末端连接修复”功能,来让癌细胞在面对放疗和化疗的“攻击”时,能够迅速地修复受损的DNA。
随后,研究者在结直肠癌、胃癌、头颈癌、肺癌和乳腺癌的肿瘤细胞中也陆续发现了NIHCOLE表达量上调的现象。而在今年,这些科学家在发表于《细胞·报告》( Cell Reports )的最新文章中,给出了这个分子促进“非同源末端连接修复”更详细的过程。
这次我们把修复DNA比做焊接两根钢管,焊接钢管之前,第一步要做的,肯定是将两根钢管要焊接的部分靠近,并固定住。
焊接钢管的第一步是要固定住钢管,修复断裂的DNA也一样(图片来源:pexels)
对于断裂的DNA双链也是这样,如果不先把断裂的两端加以固定,那么DNA断开后可能就会漂远。这个过程中会有多个蛋白质或分子起作用 。 首先,2个相同的二聚体蛋白会分别像环一样紧紧钳住DNA断裂的两端,接着一个支架蛋白(APLF)会连接在两端的二聚体上,从而达到将裂开的两段DNA拉到一起的作用,而NIHCOLE能将整个结构继续加固,这样随后的DNA连接工作才能顺利进行。
NIHCOLE和APLF在“非同源末端拼接”中与Ku蛋白合作固定断裂的DNA(De Bragança et al, 2023)
可以说,APLF和NIHCOLE就像“订书钉”一样先将断掉的DNA订在一起,让它们不会跑掉,后续再通过一些蛋白质的作用将DNA的两端黏合在一起,接着撤掉“订书钉”,断裂DNA的修复工作就完成了。
在NIHCOLE高表达的癌细胞中,NIHCOLE极大地促进了细胞中的“非同源末端拼接”。因此,这些癌细胞在面对诸如放疗、化疗这样的强有力的攻击时,能够不断高效地修复受损断裂的DNA,抵御住攻击,顽强地存活。
“非同源末端拼接”作为正常细胞中维持遗传物质稳定性、预防癌变的“守卫”,受人敬仰。可到了癌细胞的麾下,却又开始努力地为癌细胞“打工”,奋力地抵御癌症治疗的“进攻”,不禁令人有些唏嘘。但它还有可能“浪子回头”吗?
当研究者抑制这些肿瘤细胞中NIHCOLE的表达时,再进行放疗和化疗,癌细胞死亡率增大了许多。 这为肝细胞癌的治疗提供了一个新的启示:通过抑制NIHCOLE的表达从而抑制癌细胞中的DNA修复机制,进而加强放疗或化疗的效率。当然NIHCOLE的高表达也不是唯一一种增强癌细胞DNA修复机制,从而对放疗和化疗产生一定抗性的例子。今后还需要更多研究来找到更多应对癌细胞DNA修复机制的方法。和癌症的抗争仍然是漫漫长路,但我们也要一步一步走下去。
撰文 | 马东源
审校 | clefable、二七
参考文献:
https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(22)01816-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS2211124722018162%3Fshowall%3Dtrue
https://aacrjournals.org/cancerres/article/81/19/4910/670324/Long-Noncoding-RNA-NIHCOLE-Promotes-Ligation
https://aacrjournals.org/cancerres/article/81/19/4899/670300/A-Novel-Long-Noncoding-RNA-Finetunes-the-DNA
https://www.mdpi.com/2072-6694/9/7/81
https://www.nature.com/articles/1210868
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7237855/
https://medicalxpress.com/news/2023-01-aggressive-liver-cancer-molecular-staple.html